Флора Киргизии отличается большим разнообразием, причем не менее 1/4 всех видов эндемики. Для Тянь-Шаня характерно наличие лесного пояса из тяньшанской ели, который выше сменяется зарослями арчи и субальпийскими лугами. В северном горном обрамлении Ферганской долины местами сохранились орехоплодные леса (из грецкого ореха). В высокогорьях распространены субальпийские и альпийские луга, использовавшиеся на протяжении многих лет под летние пастбища для овец. На самых высоких уровнях рельефа широко развит субнивальный пояс с каменными россыпями и снежниками. Травянистые растения там крайне малочисленны, обычны мхи и лишайники.

В предгорьях распространены эфемеровые пустыни, полупустыни и сухие степи, выше сменяющиеся кустарниковой растительностью и редколесьями.