Важнейшим водным богатством Киргизии являются реки, питающиеся обширными ледниками. На территории республики насчитывается свыше 40 ты-сяч рек и речушек. Они характеризуются большими уклонами, водоносностью и не замерзают зимой из-за быстрого бурного течения. Их общая протяженность около 150 тыс. км, среднегодовой сток всех рек Киргизии составляет около 48 км³, примерно 3% от общего стока рек СНГ. На внутренние нужды используется около 20% стока, а остальная часть потребляется в Узбекистане и Казахстане. Наиболее крупные реки республики - Нарын, Кара-Дарья, Сары-Джаз, Чаткал, Чу, Сох, Кекемерен, Исфайрам-Сай.
Большинство рек Киргизии начинаются у ледников и снежников, относятся к типу снегового и ледникового питания. Некоторые реки имеют снегодождевое питание. В крупных долинах мелкие речушки питаются грунтовыми водами и почти не имеют колебаний стока по сезонам. Ни одна река республики не доносит свои воды до океана. Многие реки, стекающие с гор в окраинные долины, не доходят до основных рек: Вода просачивается в рыхлые наносы и разбирается на орошение. Вся речная сеть Киргизии распределяется по бассейнам Аральского моря, внутренних озёр, реки Тарим. На бассейн Аральского моря приходится около 77% водосборной площади республики. К этому бассейну относятся речные системы Нарына, Сырдарьи, Чу и Таласа.